胚胎发育第6周，在左、右心室之间有一个肌性间隔（室间隔）自下而上生长。其初，其上缘与两个心内膜垫之间还留着一个两心室之间的联系（室间孔）。至第8周则关闭，同时发生心室间隔膜样部。组成心室间隔的各种成分的生长缺陷和（或）不能融合均可导致室间隔缺损。最常见的室间隔缺损是高位膜部缺损，极少数病例室间隔肌部出现小孔状缺损。
        
      单独室间隔膜部缺损一般不大。在心室收缩期，左心室内压力高于右心室，部分血液分流到右心室内，右心室血液容量因而增加，输入肺循环的血液量也随之增多。这样，由肺静脉回流到左心的血量亦增加，最后可依次导致右心室、肺动脉、左心室、左心房的扩张和肥大。当缺损甚小时，向右心室分流的血液量虽然很少，但是血流通过狭窄的小孔却能发生较大的涡流，临床听诊可闻及明显的收缩期杂音。

      室间隔缺损可与其他先天心脏畸形，如大血管转位、法乐四联症、完全型房室共道等并存，单纯室间隔缺损根据缺损的解剖部位可分为四类：

     1.嵴上或（肺动脉）干下缺损　从右室看位于右室流出道（或漏斗部）、室上嵴之上，紧贴肺动脉瓣之下[图2]。从左室看位于主动脉右冠瓣与无冠瓣之间，紧贴瓣膜之下；有时位于右冠瓣中心部之下，也有位于左、右冠瓣交界附近的。缺损常呈圆形，边缘多为肌肉组织，但上方可与主、肺动脉瓣环紧贴，成为缺损的上界。主动脉右冠瓣常因缺乏瓣环支持而脱垂到缺损孔，造成主动脉瓣关闭不全，偶尔还可造成右室流出道轻度梗阻。

     2. 高位或膜部缺损　最多见。约占室间隔缺损的80%。从右室看位于室间隔膜部、室上嵴的下后方；有时可延伸到流入道、流出道或室间隔小梁部位，形成膜部周围缺损，常被三尖瓣隔瓣或其腱索部分覆盖。从左室看刚好位于主动脉无冠瓣与右冠瓣之下。缺损常呈椭圆形，小到数毫米，大到3cm以上；有时缺损周缘有完整的纤维环，有时下缘为肌肉。房室之间的膜部周围缺损可形成右房左室通道，应予区别。
     
     3.房室道或隔瓣后缺损　缺损位于膜部缺损下后方的右室流入道，室间隔的最深处，三尖瓣隔瓣之下，与隔瓣之间没有肌肉组织。常呈椭圆形或三角形，周缘有时为完整的纤维环，有时部分为肌肉组织。因缺损被三尖瓣隔瓣覆盖，手术时较难发现，易被遗漏。这一部位与完全性房室共道的部位相似。

     4.肌部缺损　这类缺损可位于肌部室间隔的任何部位，包括流入道、流出道或右室小梁部位。缺损边缘为肌肉，经常多发，大小随心肌舒缩而变动。由于有多数肌小梁覆盖，常不易看清，但从左室看则可以清楚看清缺损。希氏束的走行与膜部或膜部周围或隔瓣后缺损关系密切，修补手术时缝针容易损伤传导束，造成传导阻滞；与干下和肌部缺损则距离较远，缝针不易损伤。